Was El Greco in Toledo fehlte, war der künstlerische Austausch. Zunehmend hatte sich der Maler mit kunsttheoretischen Fragen beschäftigt und änderte seine Meinungen bezüglich der Künstler und ihrer Leistungen.
Hatte er in dem Gemälde „Tempelreinigung“ noch seine Vorbilder verewigt (Tizian, Michelangelo, Raffael und Clovio), so stand er nun Raffael kritischer gegenüber. Dieser orientierte sich seiner Meinung nach zu sehr an der Antike und bei Michelangelo gefiel ihm die wenig differenzierende Farbgestaltung nicht. Es ist El Grecos Überzeugung, dass die Nachahmung der Farbe die höchste Herausforderung für den Maler darstellt. Deshalb ist es auch Tizian, der von El Greco weiterhin mit den höchsten Worten gelobt wird.: „So könnte man auch über die Anmut der Farben Tizians sprechen, der mit seiner Fähigkeit, die Natur und anderes zu imitieren, höchste Genialität zeigte.“ (S. 62) Ebenfalls von Tizian dürfte El Greco die Malweise des frei sichtbaren Pinselstriches übernommen haben; Pinselstriche, die aus der Ferne betrachtet, ein großartiges geschlossenes Bild erzeugen.
Was El Greco jedoch eindeutig von den venezianischen Malern unterscheidet, ist der Umgang mit Licht. Es gibt in seinen spanischen Bildern kein Tage- oder Sonnenlicht. Das Licht strahlt aus dem Dargestellten.
Außerdem besann sich El Greco zunehmend seiner Wurzeln und war stolz über seine griechische Herkunft.

Dass El Greco seinen Stil verändert hatte, zeigt das Bildnis „Die büßende Magdalena“. Hatte er Magdalena um 1576 noch mit sinnlicher Schönheit und Ausstrahlung und nackter Brust gemalt, so stellt er sie einige Jahre später vollständig bekleidet und mit gefalteten Händen dar. Ihre feuchten Augen blicken gegen den Himmel – diese Art der Augenmalerei sollte später ein typisches Kennzeichen des Barockmalers Guido Reni werden.

Ein Bild, das damals weite Verbreitung fand, war die Darstellung des hl. Franziskus um 1600: „Der heilige Franziskus und Bruder Leo“. Von diesem Bild meinte Pacheco, dass El Greco den heiligen Franziskus auf ganz besondere Weise wahrgenommen hätte.
Sehr gefühlsbetont sind auch die Apostelserien, die El Greco z.B. für die Kathedrale von Toledo malte.
Auch die Marienverehrung wurde zum Thema seiner Bilder. Maria als Mutter Gottes hatte durch den Einfluss der Protestanten und durch die katholische Reform eine Zeit lang an Bedeutung verloren. Mit der Gegenreformation jedoch, wurde ihre Person wieder mehr in den Mittelpunkt gerückt.
Der Stil des reifen El Greco ist geprägt von einer Abstraktion der Naturbeobachtung, einer gesteigerten Bewegtheit der Figuren, einer Dramatisierung der Lichtverhältnisse und einer Rückbesinnung auf die Ikonenmalerei. Man spricht durchaus von einem expressionistischem Stil, weshalb El Greco in der Literatur als Vorläufer des Expressionismus’ genannt wird. Ganz besonders deutlich wird dies in dem Gemälde „Ansicht der Stadt Toledo