Ernst Beyeler sammelte während seiner 50-jährigen Galerietätigkeit stets Kunst. In den 1980er Jahren begann er, sich Gedanken über die Zukunft der Bilder und Skulpturen zu machen. Naheliegend wäre die Übergabe an das Basler Kunstmuseum gewesen. Doch als die Regierung des Kantons Basel-Stadt Ernst Beyeler Vorschläge für einen Ort als neue Heimat für die Sammlung vorschlug, wurde schnell klar, dass keine der Räumlichkeiten den Kunstwerken gerecht werden konnte. Die Stiftung wurde gegründet und die Idee, ein eigenes Museum zu bauen, war geboren. Ernst Beyeler fand es spannend, die Werkgruppen grosser Künstler der letzten 100 Jahre mit den Skulpturen aus Afrika und Ozeanien an einem dafür geeigneten Ort zu vereinen, an einem Ort, den es erst zu schaffen galt. Beeindruckt von der Arbeit Renzo Pianos, der für den Bau des Centre Pompidou in Paris sowie für die Menil Collection in Houston verantwortlich zeichnet, wurde der italienische Stararchitekt ohne Wettbewerb mit dem Bau des Museums beauftragt.

Das schöne Gelände, mit der Villa Berower Gut, das die Gemeinde Riehen zur Verfügung stellte, war wie geschaffen für einen Museumsbau, der die Seerosen von Monet beherbergen sollte. Die Idee, Natur, Tageslicht und Kunst in ein spannendes Verhältnis zueinander zu stellen, traf hier auf beste Voraussetzungen. Die Auenlandschaft mit ihrer abwechslungsreichen Vegetation hat etwas Malerisches. Ernst Beyeler und Renzo Piano pflegten während der Planung und des Baus einen intensiven Austausch. Gleich zu Beginn der Planung schlug Renzo Piano ein Gebäude vor, das aus einem dem Gelände in Stufen angepassten, dreiteiligen Museumstrakt bestehen sollte. An dessen Ostseite wurde - wie an einem Flugzeugträger - ein Gebäudeteil angegliedert, der das Museum gleichzeitig gegen die Strasse abschirmt. Im Westen öffnete ein angebauter Wintergarten den Blick zur Landschaft, die sich bis zum Fluss "Wiese" am Fusse des Tüllinger-Hügels erstreckt.

Dem Dach widmete Renzo Piano besondere Aufmerksamkeit. Das Tageslicht sollte in seinem Wechsel in den Räumen erfahren werden, gleichzeitig mussten aber konservatorische Richtlinien eingehalten werden. Das Gebäude sollte Einfachheit ausstrahlen, jedoch im Einklang mit der Umgebung sein. Die Wünsche, das Museum respektive die Sammlung auf einer Ebene ohne Treppen zu erleben und einen Teich im Süden vor dem Gebäude anzulegen, bedingten eine Absenkung des ganzen Gebäudes. Das schuf einerseits eine Harmonie mit der Landschaft, andererseits verlieh es dem Museum einen intimeren Charakter.